کارگردان این انیمیشن در معرفی داستان مجموعهاش گفت: پسر بچهای به نام سپهر طی کاوشی که در مورد چگونگی از دست دادن پدر دانشمند خویش دارد، به باغی اسرار آمیز بر میخورد و از طریق آن باغ به سفری تخیلی میرود که بعدها میفهمد آنجا شیراز است و در همانجا دوستانی پیدا میکند که با کمک آنها میتواند ماجراهایی هیجان انگیز را علیه دشمنان شهر و سوء استفادهکنندگان از دانش بیافریند.
مجموعه انیمیشن «شهر راز» در 26 قسمت 15 دقیقهای در مرکز پویانمایی صبا تولید شده است.