ماجرای مخالفت شهید مطهری با حکم امام خمینی (ره)

علی مطهری در مصاحبه ای با جماران به تفصیل در مورد شخصیت هاشمی و شهید مطهری سخن می گوید.او می گوید: شاید صریح تر از آقای هاشمی خود شهید مطهری بود و در جاهایی به صراحت با امام(ره) مخالفت کرد و حکم امام را برگرداند. مثلا در قضیه ریاست کمیته های انقلاب اسلامی امام برای آقای لاهوتی حکم نوشته بودند و شهید مطهری حکم را از آقای لاهوتی می گیرد و پیش امام می رود و می گوید این به صلاح نیست به خاطر اینکه آقای لاهوتی در دو سال آخر در زندان به مجاهدین خلق گرایش پیدا کرده و صلاح نیست و آقای مهدوی کنی را معرفی می کنند و آقای مهدوی می‌گوید حکم من به ریاست کمیته های انقلاب را به خط آقای مطهری با امضای امام دارم.
اینها دوستداران واقعی امام هستند یعنی می خواهند آبروی امام نرود چون فردا مشکل پیدا می شود و چون امام را دوست دارند این طور برخورد می کنند؛ یعنی به فکر خودش نیست، به فکر امام و انقلاب است.
وی در جای دیگری از مصاحبه در پاسخ به سئوالی در خصوص چرائی و چگونگی تغییر مواضع سیاسی هاشمی بعد از سال 84 بیان می دارد:
لااقل از نظر ایشان شرایط دوران سازندگی اقتضا می کرده که خیلی باب مسائل سیاسی باز نشود تا بیشتر به کار و فعالیت و تلاش های عمرانی خودشان برسند و البته  ممکن است بعداً تغییر نگاهی هم در ایشان ایجاد شده بوده که بستن فضا و محدود کردن آزادی بیان روش درستی نیست.
 به نظر من هر دو عامل با هم مؤثر بوده است و ایشان از سال 84 احساس کرد که عده ای می خواهند انقلاب را مصادره کنند و احساس خطر کرد؛ مخصوصا با ورود آقای احمدی نژاد به انتخابات ریاست جمهوری.
 ایشان با شناختی که از آقای احمدی نژاد و گروهش داشت مخصوصا از دوره استانداری اردبیل که آقای احمدی‌نژاد استاندار خود آقای هاشمی بود،  برای انقلاب احساس نگرانی و احساس خطر کرد که اگر اینها روی کار بیایند آسیب جدی به انقلاب می زنند؛ لذا شما می بینید که ایشان وارد میدان انتخابات ریاست جمهوری شد.
عده ای این موضوع را حمل بر قدرت طلبی آقای هاشمی کردند یا می کنند در حالی که این طور نبود و این قضیه بیشتر به خاطر احساس خطری بود که ایشان از ورود آقای احمدی نژاد داشت. در واقع ایشان اولین فردی بود که به خطر آقای احمدی نژاد وقوف پیدا کرد. لذا در همان موقع هم  اعلام کرد که اگر اصولگرایان روی آقای ولایتی یا آقای لاریجانی توافق کنند من نمی‌آیم؛ یعنی معلوم است که ایشان صرفا به خاطر احساس خطر از آقای احمدی نژاد وارد میدان شد که مبادا ایشان رئیس جمهور شود.
بالأخره آن اتفاقات افتاد و آقای احمدی نژاد هم با هوش بود و خیلی زود فهمید که تمایل بخشی از نظام این است که آقای هاشمی به حاشیه رانده شود. لذا خیلی از نیروهای انقلاب و نهادهای حکومتی هم پشت سر آقای احمدی نژاد قرار گرفتند و علی رغم اینکه ظاهر قضیه نشان می داد که آقای قالیباف می تواند برنده شود در نهایت آقای احمدی نژاد تقریبا در یک هفته آخر حمایت شد و به دور دوم راه یافت. آقای هاشمی در اینجا معترض بود و چندبار هم اعلام کرد و در آخر گفت به خدا واگذار کردم. معتقد بود که انتخابات 84 مهندسی شده و البته بعدا شکایت هم کرد و خود ایشان به من گفت که 110 نفر از فرماندهان نظامی در دادگاه به خاطر دخالت در انتخابات محکوم شدند و ما دیدیم اگر بخواهد حکم اجرا شود خیلی برای نظام بد می شود و گذشتیم.
در هر حال همان موقع هم ایشان معتقد بود که انتخابات سالم نبوده و در واقع اختلاف نظر آقای هاشمی با رهبری از همان موقع یعنی از ورود آقای احمدی نژاد شروع شد که رهبری آقای احمدی نژاد را کاملا قبول داشت و از آقای احمدی نژاد حمایت بسیار جدی کرد ولی آقای هاشمی ایشان را یک خطر برای انقلاب می دانست و طبعا اینجا اختلاف نظر شد و بعد هم که آقای احمدی نژاد انتخاب شد آقای هاشمی چندان حمایت نمی کرد.